第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。

NCIS (海军犯罪调查机构)是一部关于一支特工小组的动作剧集，这支小组隶属五角大楼的特别部门，肩负着调查任何有一丝证据证明与海军及海军陆战队人员有关的犯罪，且不论其级别或职位的高低。领导这支小组并独立于海军指挥系统的是NCIS特工Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon饰)，这名经验丰富的调查员与审问员是个机智、强硬并且为了完成任务愿意打破常规的人。直接受Gibbs领导的是Anthony DiNozzo特工 (Michael Weatherly饰)，作为一名前重案组探员，其出色的本能来自于大量的调查经验。之后加入他们俩的是Kate Todd (Sasha Alexander饰)，一个美丽而又坚强的前特勤处特工，曾与Gibbs短兵相接（见NCIS第一季第一集）。还有从事技术分析工作的Abby Sciuto (Pauley Perrette饰)，是一名天才科学家，她那黑色幽默与哥特风格的装扮相得益彰。新加入小队的是Timothy McGee (Sean Murray饰)，麻省理工学院（MIT，剧中经常会提到）的毕业生，他对电脑的精通使他在Gibbs率领的小组中成为一名见习特工。在小组背后默默支持的是法医Donald "Ducky" Mallard (David McCallum饰)，他见多识广。从谋杀、间谍活动到恐怖活动、盗窃潜艇，这些特工们为了调查所有与海军及海军陆战队相关的犯罪活动，足迹遍布全世界。

Melinda（詹妮弗·洛芙·休伊特 Jennifer Love Hewitt 饰）具有一种和鬼魂沟通的神秘能力，常常有鬼魂来找她帮忙。鬼魂们来到阳世，大都是因为有未尽的心愿，这些心愿阻止了他们再次获得生命，而Melinda在生与死之间穿梭，在帮助他们的同时，探索生命与死亡的真谛。知道真相的除了丈夫Jim（大卫·康拉德 David Conrad 饰）就是Melinda在古董店的合作伙伴Delia（卡穆琳·曼海姆 Camryn Manheim 饰）。喜欢研究超自然现象的人文历史大学教授Rick（杰·摩尔 Jay Mohr 饰），虽然看不到鬼魂，但是可以听到他们的声音，正因为此，他也经常帮助Melinda解释很多她看到的鬼魂给她的提示。

被困的殖民者在新卡布里卡的赛昂人残酷统治下挣扎求生，但当卡拉狄加返回拯救人类时，这支羽翼未丰的舰队重新开始搜寻地球。赛昂人在失去对新卡布里卡的控制后，便踏上了前往地球的神秘旅程。