昭和二十二年,北海道岩内某当铺一家三口被人杀害,店铺遭到焚毁。不久台风来临,行驶于津轻海峡的曾云号沉没,500多人丧生。警方在核对海难死者身份时,发现两具不明身份且伤痕可疑的尸体。经调查,得知二人系网走监狱的刑满释放人员沼田(最上逸馬 饰)和木岛(安藤三男 饰),失踪前曾与一名叫犬饲多吉(三国连太郎 饰)的人在一起。函馆警察弓坂(伴淳三郎 饰)直觉此案与犬饲有关,但犬饲犹如人间蒸发一般,此案最终不了了之。十年后,妓女杉户八重(左幸子 饰)和一名男青年的尸体从海中打捞上来,警察味村时雄(高倉健 饰)判定二人并非自杀,男青年的主人——实业家樽見京一郎则拥有重大嫌疑。随着调查深入,那起沉疴十年的悬案也一同浮出水面……
杀人越货的罪犯连续神秘死亡,人们将替天行道惩治恶人的基拉奉为救世主,警方对之束手无策。专门解决奇诡事件的天才少年L推断,基拉有97\%的可能性身在日本,于是他离开洛杉矶飞赴日本。临行之前,L心中浮起淡淡的预感——自己可能再也回不来了。L与基拉——夜神月的展开了正面交锋。这时,泰国的一个小村庄被人从大地上抹去了痕迹。L并不知道有一桩足以毁灭世界的重大阴谋正在酝酿之中。L以自己的生命为代价设下陷阱准备一举击溃夜神月,不料,多年的搭档渡意外身亡。L决定在自己最后的23天中解决渡所留下的任务。直升机送来了一箱给渡的礼物,里面竟是一个男孩——他是遭灭顶之灾的泰国小村的唯一幸存者。L从男孩随身携带的磁碟资料中得知,该事件与恐怖的杀人病毒有关。此时,少女真希带着父亲的遗物来找渡,她也是这场阴谋的受害者。追踪而来的杀手已然赶到,L带着两个孩子开始了逃亡。只剩6天了,L决定与阴谋者决一死战。