随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
小野寺律（近藤隆 配音）和高野政宗（小西克幸 配音）的故事仍在继续。绿宝石编辑的工作依然很忙，但律已渐渐适应漫画编辑部的工作，自己也越来越感受到这份工作的乐趣。令他困扰的事仍然是高野先生。十年前的初恋现在仍在对自己说喜欢，且了解到当初的分离只是一场误会。但律心中就是有解不开的疙瘩。譬如高野先生和横泽隆史（堀内贤雄 配音）曾交往过的这段不容忽视的事实，还有来自律家庭方面的因素。但感情不受理性的控制，不知该说什么，心砰砰直跳，要费很大的力气才能压抑出心中的“我喜欢你”这几次蹦出。但比起第一季，二人的关系终于有所进步，但距离他们坠入爱河，似乎还有不少的天数。 另外两对，吉野千秋（立花慎之介 配音）和羽鸟芳雪（中村悠一 配音），木佐翔太（冈本信彦 配音）和雪名皇（前野智昭 配音），他们的恋爱故事也仍在继续。
「为了让来未回想起活着的感觉，我成为了人类。」 春和来未过着平淡而幸福的生活。 本以为会一直这样下去，突如其来的飞机事故却打破了这一切。 刚吵完架还没有解开误会的来未就这么失去了至爱的春。 来未失去了活下去的力气。 为了找回春的笑容，来未找来了和春长相一摸一样的智能机器人。 于是，来未和机器人春生活在了一起。 机器人春的依靠是来未曾经写下愿望的——魔方。 只要对齐魔方的颜色，就能够看到来未满溢的思念。 正当机器人春和来未渐渐的接受了对方，这时却……
1. THE NEUTRAL ZONE（1995年11月1日） 2. SWING HIGH!（1996年4月1日） 3. HIGH SPEED EDGE（1996年9月1日）
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，
拉梅塔尔星球 (LaMetal) 开始了一场与地球的征服战争，唯一能够保护世界免受这场威胁的人是千禧女王 (Queen Millennia)，她是拉梅塔尔 (La-Metal) 的前公主，并将地球作为自己的家园。
